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留美博士文曙浅谈新冠病毒的传播过程长沙江湾医院
- 发布日期：
- 2020/2/22 8:35:41
- 内 容：
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2月7日，华南农业大学的新闻称穿山甲为病毒传播的中间宿主，其冠状病毒序列与人新冠病毒序列相似度高达99%。不过并没有提供更多的数据，文博士不好做出太多的判断。
什么是中间宿主？
打个比方：如果病毒是在蝙蝠体内，但并没有那么强的传播力，或者说传播到人类的途径很少，需要通过另一物种（穿山甲）进行传播，穿山甲就成为了病毒的中间宿主。
重要进展解读
短短一周时间过去，又有了新的重要进展。下面就来给各位感兴趣的读者解读一下：
华南农业大学最初拿到这些被广东海关查获的活穿山甲（来源见该新闻
），结果很快大部分都生病死亡。临床表现与新冠患者有相当高的相似性，包括肺部肿胀并且内部含有泡沫状液体，肺部纤维化，少数死亡穿山甲还有肝脾的肿胀。
这些华南农业大学的科学家取了患病穿山甲的组织高通量测序后，发现里面有冠状病毒，并把病毒序列上传网上。相关文章链接为：
!po=36.6667。
文博士所在的美国贝勒医学院的几名科学家发现了新冠病毒和这些穿山甲冠状病毒在与受体（ACE2）互作区域的高度相似性，远超之前在蝙蝠身上发现的冠状病毒和人新冠病毒在这个区域的相似性。(于2月7号提交，2月13号发表，提交时间大概比华南农业大学新闻宣布早一天左右）全文见：
可以看到好几个地方人和穿山甲的冠状病毒氨基酸是一模一样的，两种蝙蝠冠状病毒的序列则不同，比如第五个N，第六个N，第七个L。
从遗传和物种进化的角度，基本可以确定人新冠病毒起码有一部分是直接来源于该穿山甲冠状病毒的。
可能性较大的传播过程
文博士猜想新冠病毒在这些宿主上有两个可能性比较大的传播过程：
一个可能的过程是云南的蝙蝠和马来西亚的蝙蝠互相传播了某种蝙蝠冠状病毒（蝙蝠具有长途迁徙的能力，而且经常种群密度极高，很容易互相传播疾病），并且在马来西亚传给了穿山甲。穿山甲被抓后被运到中国，一部分被海关查获，一部分到达武汉。
另一种可能的过程，是这些穿山甲还在健康的时候就被抓后被运到中国，在某地（很可能是广东）被养殖一段时间后感染了。有可能是当时边上也有食用的蝙蝠，也有可能就是野生蝙蝠的排泄物感染，使得穿山甲感染了新冠病毒。其中一部分被广东海关缉货，另一部分来到武汉。（不过我觉得在穿山甲之前的这一段过程可能对人疾病的治疗意义有限，更重要的是接下来的部分）。
这些病毒还需要经过一段时间的人体外存活（有可能在某个地方有长期保留有新老穿山甲的专店，使得病毒有时间反复传播并且完成剩下的突变，变成目前人体内发现的这个模样）。从去年3月穿山甲发病到去年底第一次发现病人，大半年的时间，穿山甲上的病毒和人体病毒大概差基因组的1%，大约300个碱基，正好位于RNA病毒的突变速度范围里。
现在需要仔细溯源，找到长期饲养活穿山甲的地点。既然是在武汉先发现病人的，应该在湖北境内先好好找找。当然，也可能饲养点当时就在华南海鲜市场里面，只是现在已经被清理掉了。但是穿山甲不是那么常见的东西，当时清理的人员应该记得一些情况，能多少进行溯源。
一旦能够清楚地溯源，就有可能帮助我们阻断病毒动物源，避免病原的长期传播，由此促进新型冠状病毒的源头防控，为将来避免类似的情况再次发生提供坚实的流行病学数据和政策依据。
本文作者
文曙
江湾生殖与遗传专科医院遗传学顾问
留美遗传学博士
美国贝勒医学院遗传系副教授
美国贝勒医学院遗传系实验室副主任
美国临床分子遗传学执业医师（ABMGG认证）、医学遗传学院专家委员（FACMG）。继获湘雅医学院硕士毕业后，获美国德克萨斯A&M健康科学中心博士学位。现任坐落德克萨斯州休士顿，全美遗传学排名第一的贝勒医学院教授，主要研究方向为二代测序技术的临床运用，遗传大数据的临床分析和报告，以及寻找新疾病基因。发表SCI论文20余篇，担任多家杂志特邀审稿。
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